制藥工業污染治理難度較大。其主要原因在于產品種類多、更新速度快、涉及的生產工序復雜；所用原材料繁雜，而且有相當一部分原材料為有毒有害物質；工藝環節收率不高，一般只有30％左右，有時甚至更低，往往是幾噸、幾十噸甚至是上百噸的原材料才制造出一噸成品，從而產生大量廢棄物，并且廢物成分復雜，涉及的危險廢物種類多。

在藥物廢渣中最令人擔憂的莫過于化學藥品廢渣處理。有環保部人士在接受媒體采訪時直言，化學燃料藥是制藥工業污染最重的領域。

資料顯示，我國已經成為全球最大的原料藥生產國和出口國，原料藥產量已占全球總產量的80%，其中出口占到全世界原料藥市場的70%以上。以青霉素，維生素C、維生素E為代表的20余種化學原料藥產量和出口量均居世界第一。但是，我國原料藥多為初級產品，資源浪費和環境污染嚴重。

以中成藥為例，大型中藥企業每年都要使用上萬噸藥材。數量龐大的中藥廢渣，除了被農民拉走作為肥料外，絕大部分是直接露天堆放，還有的被不法商販購買用以制作假藥。“直接堆放不僅占用土地，且一些殘留物質會隨著雨水向下滲透，有可能對地下水造成污染。”

國家不斷加大各行業生產過程中的污染和環境整治問題，將環保和綠色作為現代制造型企業首要指標。“制藥企業的環境管理體系建設和危廢管理實踐、處理制藥企業有機溶劑、廢水和VOCs及制藥中產生的三廢如何有效處理利用等問題”——對于制藥行業來說，任重道遠。